今から1300年ほど前の奈良時代、藤原房前公（藤原鎌足の孫）の母君が出家して当地に庵を結び、金城山から湧き出る霊泉で沢山の病人を救いました。
母君亡き後、薬師如来を携えてこの地を訪れた房前公は、母親の菩提を弔う金城山雲洞庵を建立されました。以来、藤原家の尼僧院として律宗に属し、約600年間にわたり特に女人救済の庵寺として大変栄えたのです。
その後、今から600年ほど前の室町時代、関東管領・上杉憲実公が藤原家末裔の因縁で庵をうけ、曹洞宗雲洞護国禅庵を開創し、以降、北陸無双の大禅道場として栄えてきました。
